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生命科学传说是21世纪最重要的自然及应用科学学科之一(坑我的传说)。
据说美国政府60%的科研经费用于生命科学研究,有超过一半的院士从事生命科学研究,美国民间投资最多的产业之一是现代生物制药业。
而我国2018年度国家自然科学基金项目总计给全国前100位高校投入55亿多经费供生命科学和医学研究。
各种天文数字提醒我这种月光族,这个行业是很有前途的,跟着蹭点汤,迟早也能在杭州买上套房,这是我近期的理想。
上车后,我躺着翻阅资料,发现名单最后有位西北地区某研究所的副教授,专业是地质学。这个专业好像对生物试剂没有什么需求吧。又不是考古学,挖出啥古生物遗骸还可能需要做个DNA检测。而这位教授只在清单里列了下名字和联系方式,没有详细介绍资料。翻着翻着,我的眼皮开始打架,昏昏欲睡。
当我醒过来时,已经是半夜,手机里收到了好几条信息。双姐已经将第一个任务需要安排的酒店,活动等等都准备好了,把对接信息发给我,我只需跟着指示,到指定的点拿上她定好的东西,带着各位专家去接待的地方。
双姐威武,只要有网络的地方就没她搞不定的事情。就是对我抠门了点,第二站还是给定的硬卧,我就是跟着指令动车全国游。呃,不对,根本没给我留时间停留下多看那些城市一眼。
拜访中,印象比较深的是某个附属医的科研组,研究的是热门的蛋白质组学领域。
蛋白质组指的是一种基因组所表达的全套蛋白质,即包括一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。
蛋白质的合成简单点说是由某些酶相互配合,解读翻译DNA上某段基因,从特殊起点开始,每三个相邻碱基对应合成特定的氨基酸。打个比方说,把20种氨基酸看成是20种珠子,翻译合成过程像是跟着基因编码图穿珠子,不同的珠子按顺序连成一串,形成氨基酸链,一维链条经过折叠形成特定的三维结构。
这样生产出的氨基酸链理论上有无数种形状可能,而生命的神奇之处在于生物体内往往只形成一种特定的三维结构,并且有生物学活性。这个唯一的形成过程到现在还是个谜。难怪会有人觉得科学的尽头,是“神学”。
如果碱基顺序和数量不同,产生的氨基酸种类、顺序、数量都将不同,最后产生的蛋白质也将不同。
在生产蛋白质的过程中,任何一个步骤出点小错,比如碱基错位,少了或多了,那么翻译的氨基酸就会出错,可能导致氨基酸链折叠出错,折叠不出特定的蛋白质结构。那么这个生产出的蛋白质可能没有特定的功能。
如果这个功能关系到生命活动,这个错误可能会导致某种疾病。通过对正常个体和病理个体的蛋白质组比较分析,这些变异的分子可能成为新药物设计的分子靶点,或者为疾病的早期诊断提供分子标志。确实,很多畅销药物本身是蛋白质或其作用靶点为某种蛋白质分子。
一位年轻的博士,可能刚发表了比较好的文章,在向组内学生传授经验:从病历中找到某种相似症状,收集这类病人的样本做基因筛查,和正常样本基因比对后整理出变异可能位点。利用找到的疑似基因片段,计算机模拟导出蛋白质三维构型。
这位博士说的只是模拟出的天文数字级蛋白质模型中的某一个可能结构。不是真实地依据采集大量样品,分离提纯结晶得到某种和疾病相关的蛋白质,再用各种精密仪器检测分析出的真实结构。前面说过,人的基因产生的唯一的有生物活性的蛋白质结构过程简直是神迹,这种从海量模拟结构中,一次性猜中正确结构的几率简直是神迹中的神迹。
博士接着说他如何靠这种方法(神迹中的神迹啊),大开脑洞分析出某种结论来发文章。他举例的某篇文章样本只有9个病人,用这个方法整出来的文章可以发在影响因子二十几的杂志上。最后他得意洋洋地结尾句是“这样一篇高分文章就出来了。”
真核生物蛋白质生物合成涉及到的蛋白质、核苷酸组分众多,到目前为止工作模型还十分肤浅。蛋白质折叠问题还是尚未解决的“21世纪生物物理学”大难题。计算机模拟系统的理论基础都还在探索中,这样模拟得出的结构又有多少可信度,虚假繁荣推高了试验仪器,试剂和模拟软件的需求而已。……
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